大文本文件可以告诉你海洋的工作原理

ResearchBlogging.org.......因为“高吞吐量测序赋予了Pelagic海洋环境中的季节性社区动态的深刻观点”,但似乎适当的标题远的博客太干燥和技术。我的意思是,我希望人们阅读我的帖子,对吗?虽然不要被标题所迷惑:我将在这里给你一些认真优雅的科学。

由于我自己的研究,我尽量与更广泛的世界高吞吐量DNA测序保持标签上的更加了解,就像我自己一样,使用数百万DNA序列来研究不同类型的复杂物种组合生态系统。几个近期纸张中英国普利茅斯附近的西方英式渠道水域的微生物社区的6年来转发结果。

吉尔伯特等等。(2011年,2010年)表明即使在细菌社区中,社区多样性也存在明确的季节性模式和峰。弄清楚这些模式有时会引起的原因很容易 - 它看起来像换天的日子长度占细菌多样性的65%(我相信当他们看到这个结果时,我相信作者的下巴掉落......)。甚至更加荒谬(以一种好的方式),在社区中存在的物种的“指纹”的特定细菌组合 - 可以预测100%的准确性。毫不奇怪,只有2%的占他们所观察到的100个最丰富的分类群中只能确定到物种水平。(此天以前未被发现的多样性是如此古老的帽子。但仍然很酷)。

英国普利茅斯附近的西方英语频道地表水域的微生物群落。圆圈越大,物种越多。颜色代表了随着时间的推移持续存在的持久性(例如,它们被发现的样品数量;橙色= 5%,黄色= 16%,绿色= 35%,蓝色= 66%,Red = 100%)来自Gilbert等,2011年

网络分析表明,社区从“自下而上”驱动:环境决定了茁壮成长的细菌分类群(对温度,光可用性等的差异反应),然后可以根据那里的美味细菌潜入时潜入真核分类群要吃:

“雷纳尔德,我在这个美好的下午对晚餐的看法很漂亮 - 你说的是什么”

“休闲嘘老篮球,让我们去游泳”

随着时间的推移,偶尔罕见的罕见分类群 - 突然的一部分都会变得困惑。这些类型的尖峰非常令人兴奋 - 作为一名科学家,我梦想着我们可以将特定分类的日子联系到特定的环境变化(侵犯掠夺者,漏油或隐形污染物)。随着这些的更多研究都发布,我的梦想可能很快成为现实。

地表水域微生物社区的季节性模式,分组为平均3个季节。线代表在订单水平上分组的分类学汇编。来自Gilbert等人。2011年

最酷的是,无论你看哪种类型的数据,这些模式都是一致的(吉尔伯特等等。2010) - 无论您是查看从所有物种(Metagenetics)测序的一个基因,来自社区的无规基因组片段(均衡组织),或仅为社区基因表达(MetaTranscritPomics)。来自基因表达数据,吉尔伯特等等。另外,根据一天的季节和时间开启和关闭的重要基因 - 但这些表明对任何已知基因没有相似之处。这非常令人兴奋,因为我们测了很多在这一点的基因组,功能性重要的基因在生命之树上非常保守(易于发现)。微生物显然在环境中做出了重要的事情 - 也可以产生一种未知的蛋白质,这些蛋白质循环养分,例如氮气或磷 - 但我们所能做的就是在这一点上划伤我们的头部。像这样的新研究是不断转向科学世界颠倒的,我们科学家认为我们知道如何营养氮循环......但显然我们没有。

虽然Gilbert等人。(2011)专注于英国水域,他们对季节性模式的观察令人惊讶的是,在加州海岸的前一项研究中令人惊讶的是一致(Fuhrman等等。2006)。对我来说,微生物社区可以如此相似的事实,尽管在地理上相距如此偏远,是完全令人惊叹的。但与任何良好的科学研究一样,结果似乎产生了比答案更多的问题。现在,我们正在建立深切和准确的海洋生态系统(谢谢,高吞吐量排序),我们可以进一步开始挖掘并提出究竟是什么驾驶这些模式。我迫不及待地想知道了!

参考:

Gilbert Ja,Steele Ja,Caporaso JG,Steinbrück,雷德德J,Mettrton B,Huse S,MChardy AC,Knight R,联合I,Somerfield P,Fuhrman Ja和Field D(2011A)。定义季节性海洋微生物群落动态。ISME Journal.PMID:21850055

Gilbert,J.,Field,D.,Swift,P.,Thomas,S.,Cummings,D.,Mettrton,B.,Weynberg,K。,Huse,S.,Hughes,M.,联合,I。Somerfield,P.,&Mühling,M.(2010)。温带沿海网站上微生物的分类和功能多样性:季节性和DIEL时间变异的“多个OMIC”研究Plos一个,5(11)DOI:10.1371 / journal.pone.0015545.

Fuhrman Ja,Hewson I,Schwalbach MS,Steele Ja,Brown MV,Naeem S(2006)。每年重新灼热的细菌群落可预测来自海洋状况。美国国家科学院的诉讼程序,103(35),13104-9 PMID:16938845.

Holly Bik(160个帖子

我是加利福尼亚大学河畔的计算生物学家。我的研究使用DNA测序和基因组学研究海洋生态系统中的微生物真核生物(YEAH,NEMATODES!),重点是深海的进化和生物多样性。我既不能确认也不能否认我喜欢Unix,而不是我喜欢上海。


一个回复“大文本文件可以告诉你海洋如何运作”

评论被关闭。