所以你认为你知道海洋偏心神经学?

Metagenomics如此容易理解,对吧?科学家们只是出去获得......在环境中的东西......然后他们回答了很多问题,就像...... .um ......

是的,有时候我也会迷路。在宏基因组学中,研究人员收集海水或土壤样本,然后从收集到的任何黏液中随机排列DNA片段,最后得到的是样本中所有物种基因组的小片段。但是理解宏基因组学就像理解人类基因组学。它比你想象的要复杂和微妙得多,即使整个概念看起来很容易理解。当然,我们想要对人类基因组进行排序,就像我们痴迷于探究生活在海水中的物种的基因组一样(海水很容易收集,而且我们知道很多生物生活在那里;这是海洋基因组学的低垂果实)。但是科学家们经常在这些宽泛的旗帜下问一些非常具体的问题,而那些归入诸如“宏基因组学”一类的问题可能会让人感到惊讶。

艾森实验室目前正在举办Matthew Haggerty,这是一个访问的毕业生San Diego州立大学的伊丽莎白Dinsdale的实验室。上周,他在实验室会议上展示了他的研究,讨论了他在海洋偏见数据集中寻找的不同类型的科学故事。

2013-03-08下午12:45.18

MATT正在与作为其中收集的公共DNA数据集合作全球海洋调查乘游艇环游世界并收集一桶桶海水的科学家。我怎样才能得到这份工作?

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全球海洋调查(GOS)的数据是海洋科学的重要数据集。收集的方式,的方式回到基因组学的黑暗时代(2007年),人们继续深入研究并重新分析这些数据集,以了解海洋生物学的底层。Matt正在使用GOS的数据来研究一些超级酷,但超级搜索的问题,至少他的问题在发表之前都是搜索的。研究生的手稿必须经过同行评审!

但是,马特确实存在一些非常棒的偏心神经因素,让我以ipad涂鸦的形式记笔记(谢谢,标记应用程序!)。

事实1:

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受到压力或下降的珊瑚礁显示出致病菌和毒性基因的特别增加(Ainsworth et al. 2010)。Ainsworth等人注意到宏基因组学研究显示“微生物代谢功能的显著差异表明,接近人类种群和局部干扰显著影响了微生物多样性和代谢,从而影响了珊瑚礁的健康。”珊瑚礁故事是复杂的(涉及珊瑚,藻类,细菌和病毒之间的相互作用),但仍在研究,但偏心组合现在正在提供前所未有的调查珊瑚礁如何运作和保持健康(或变得不那么健康)。

事实2:

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宏基因组学还让我们研究海洋中的营养循环,并研究某些元素的有限可用性如何控制微生物群落的新陈代谢。例如,Toulza等人(2012)利用全球海洋调查(Global Ocean Survey)的数据来研究海洋微生物吸收铁的基因。为什么?因为,他们说,尽管在大多数海洋微生物中缺乏对铁摄取机制的知识,但我们的方法就有了解微生物群落的铁代谢途径如何随海水铁浓度而变化的见解。“换句话说,宏基因组学让我们能够了解海洋中的营养物质是如何循环的,微生物细胞是如何对不同水平的营养物质产生反应的——而不需要知道这些任何东西关于任何一个物种。

事实3:

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是的,MetageNomics甚至可以涉及鱼类中的口腔粘液的研究 - Matt非常感兴趣(虽然基于水下图片的数量,但我认为他可能正在使用这个问题作为在异国情调的地方潜水的借口。对,马特?:p)。鹦嘴鱼以牙齿而闻名,但不太闻名于牙齿上生长的绿色泥泥(见照片)。它非常粗糙,所以现在你不会忘记它。我找不到有关这个恶心的绿色牙齿渣的同行评审的信息,这意味着“鹦嘴鱼类口腔微生物组织”的领域需要一些关注。这个粘液中有多少种物种?它会影响鹦嘴鱼健康吗?我们是否在这些蓝藻基因组中看到任何凉爽的适应?这些问题现在没有答案,但任何人都有更多信息请告诉我们!

CC Image由Paul Duxfield提供。看看所有的粘液!

参考文献

Ainsworth Td,Thurber RV,Gates Rd(2010)珊瑚礁的未来:微生物的角度。生态学与进化趋势,25(4):233-40。

Toulza E,Tagliabue A,Blain S,Piganeau G(2012)地表海洋微生物趋势的全球海洋抽样(GOS)项目分析普罗斯一体7 (2): e30931。doi: 10.1371 / journal.pone.0030931

冬青Bik (160个帖子

我是加州大学河滨分校的计算生物学家。我的研究使用DNA测序和基因组学来研究海洋生态系统中的微生物真核生物(是的,是线虫!),重点关注深海中的进化和生物多样性。我既不能肯定也不能否认,比起出海,我更喜欢Unix。


2回复“所以你认为你知道海洋偏心神经学?”

  1. 伟大的工作!(和霍莉的伟大文章)我很高兴你在戴维斯度过乐趣,现在回到圣地亚哥......。所以我们可以闲逛。

  2. 你好,
    我刚刚通过机会发现了你的文章,非常清楚地写了,并感谢您对微生物黑匣子的工作的引用!

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